Aunque se fundó en 1540, con el pasar de los años fue un municipio poco importante debido al clima cálido y húmedo que ocasionaba una movilidad y transporte deficiente. En la década de 1930 mejoraron las conexiones al interior del departamento, lo que resultó en el crecimiento del tráfico por carretera, también se construyeron modernas instalaciones portuarias y un aeropuerto.
Buenaventura es ahora el principal puerto del pacífico de Colombia, por donde se transporta gran parte del café del país, así como azúcar y algodón de la tierra fértil del río Cauca, madera aserrada de los bosques costeros del suroeste de Colombia y la mayor parte del oro y plata de la región del Chocó al norte.
Es importante además por ser uno de los puertos pesqueros desde donde se exportan camarones congelados, también es terminal del oleoducto desde Puerto Berrío vía Cali y de un ramal desde Cali de la vía férrea Puerto Berrío, Popayán.