San José del Prado cuenta con una red de vías que se conectan con los principales puntos de la ciudad facilitando el transporte de sus habitantes hacia cualquier zona de Bogotá. El sistema Transmilenio, que circula por la Autopista Norte, es la principal opción de movilidad para las personas que residen al oriente del barrio.
En su interior, San José del Prado cuenta con 31 paraderos del SITP ubicados principalmente sobre la Avenida las Villas y la calle 134.