Rafael Núñez ofrece a sus habitantes la posibilidad de desplazarse hacía cualquier zona de Bogotá de manera sencilla; el Sistema Transmilenio se moviliza por la Avenida NQS y por la Avenida El Dorado.
El sector cuenta con 10 paraderos del SITP ubicados principalmente sobre la calle 53 y la carrera 50.